Sænautasel byggðist árið 1843 úr landi Hákonarstaða. Frumbyggjar voru Sigurður Einarsson frá Brú og Kristrún Bjarnadóttir frá Stafelli. Þau höfðu gifst 25. september 1841 og búið á Brú ásamt föður Sigurðar og tveimur bræðrum, Einari og Þorsteini. Hefur jörðin þótt þröngsetin, þótt víðlend sé og hvergi í grennd verið laust fyrir um ábúð. Völdu þau þá þann kostinn að reisa nýbýli í hinni grösugu og gagnsömu heiði, til að leysa úr þröngbýlinu á Brú.
Ástæðan fyrir því að þau Sigurður og Kristrún völdu að byggja nýbýli sitt í landi Hákonarstaða frekar en í landi Brúar bendir til að byggilegast hafi verið álitið á Sænautaseli, líklega fyrst og fremst vegna veiðar í vatninu. Einnig var graslendi þar nægt og flóaengi. Að Sænautaseli er þó nokkuð snjóþungt og skjóllítið.
Lengst bjó Guðmundur Guðmundsson í Sænautaseli. Fyrst með fyrri konu sinni Jónínu S. Guðnadóttur frá Grunnavatni og síðar seinni konu sinni Halldóru Eiríksdóttur. Varð búskapur Guðmundar alls 36 ár og mun enginn eiga lengri búsetu samfellt á sama býlinu í Jökuldalsheiðinni.
Sænautasel var lengst allra býla á heiðinni í byggð, í 100 ár, en það fór í eyði 1943. Þó var ekki búið þar í 5 ár eftir Öskjugosið 1875.
Árið 1992 var bærinn endurbyggður fyrir atbeina og á kostnað Jökuldalshrepps og stjórnuðu þeirri uppbyggingu Auðunn Einarsson og Sveinn Einarsson, sem var aðalbyggingarmeistari, en hann var afkomandi frumbyggjanna Sigurðar og Kristrúnar. Nú er hér á sumrin starfrækt öflug menningartengd ferðaþjónusta þar sem m.a. er hægt að sjá hvernig fólk bjó til sveita í byrjun 20. aldar.
Halldór Laxnes kom í Sel 1926 í nóvember. Hann gisti þar og lýsir aðkomunni þannig að 12 tröppur hafi verið niður til að komast inn í bæinn svo mikill snjór hafi verið. En það leggur mjög mikinn snjó framan við dyrnar á Sænautaseli.
Þá er það skemmtilegt að kona, sem kom gestur í Sel fyrir nokkrum árum frá Axarfirði, segir sögu af afa sínum en þetta hafði hann skrifað í dagbók sína. “Hann er sendur frá Axarfirði alla leið til Sænautasels til að sækja 2 kindur, tvævetlu með lambi. Hann segist vera látinn sofa uppá lofti ásamt öðrum Halldóri. Hann var fjögur dægur hvora leið, en þegar heim kom var hann kominn með 12 kindur sem áttu heim að rekja til Axafjarðar”.
Ábúendatal:
1. 1843-1850: Sigurður Einarsson (1805-1850) frá Brú og Kristrún Bjarnadóttir (1821 - ) frá Staffelli í Fellum. Börn: Jakobína (1846-1858), Elísabet (1848-) Am, Anna Björg (1849 -) Am, Einar J. (1844-) Am.
2. 1850-1864: Sigfús Pétursson (1813-1870) frá Hákonarstöðum og Helga Sigmundsdóttir (1822-1899) frá Flögu í Skriðdal. Börn: Guðný Ingibjörg (1849-1868), Guðlaug Kristín (1851-1876) Pétur (1853 -) Am, Guðrún Hallfríður (1855-1868), Arnbjörn (f.og d, 1868), Sigfús (f. og d.1859), Gunnlaugur Árni Björn (1860-1943), Sigurjón (1863-1865), Jónína Stefanía (1865-1879) og Sigfinna Guðrún Hallfríður (f. og d.1868). Börn Sigfúsar með Ólöfu Einarsdóttur vinnukonu á Hákonarstöðum, Þórunn (f.og d.1834) og Jósep (1835-1857)
3. 1864-1867: Gísli Gíslason (f.1811) úr Eyjafirði og Steinvör Árnadóttir (f.1821) frá Vindbelg í Mývatnssveit.
4. 1867-1875: Kristján Friðfinnsson (1830-1879) frá Álandi í Þistilfirði og Kristín Árnadóttir (1832-1906) frá Vindbelg í Mývatnssveit. Börn: Bjarni Brynjólfur, Jónas Helgi, Jakobína Kristín, Baldvin Jóhann, Guðný Sigurlaug (1870-1871), Sigurlaug (f.1873). Fóru öll til Vesturheims.
1875-1880: Í eyði.
5. 1880-1892: Stefán Stefánsson (1841-1892) frá Eyvindará. Fyrri kona hans var Guðrún Árnadóttir (1843-1874) frá Rannveigarstöðum. Barn: Pétur (1868-1905). Seinni kona: Sesselja Magnúsdóttir (1851-1913) frá Ásgrímsstöðum í Hjaltastaðaþinghá. Börn: Guðmundur (1878-1934), Sesselja (1879-), Ólöf Margrét Ingibjörg (1882-1916), Magnea (1884-1968) húsfr.Bakka, Borgarf., Stefán (1886-1973), b.Felli, Vopnafirði og Níels (1889-1943) b.Húsey. Sesselja bjó í tvö ár í Sænautaseli eftir andlát Stefáns.
6. 1894-1904: Guðmundur Þorláksson (1863-) af Berufjarðarströnd og Guðný Þorsteinsdóttir (1857-) úr Fljótsdal. Börn Jón (1895-), Einar (1896-). Barn Guðmundar: Guðmundur (1892-1958) b. Sænautaseli.
7. 1904-1905: Benjamín Jónsson (1861-1925) og Jóhanna Ó. Hallgrímsdóttir (f.um 1874) frá Fellsseli, S.-Þing. Börn: Guðný, Jón (1896-1917) féll í stríðinu í Frakklandi, Guðrún og Þórður. Barn Benjamíns og Margrétar Jóhannesdóttur, Sænautaseli: Ásthildur (1879). Fóru öll til Vesturheims.
8. 1905-1907: Torfi Hermannsson (1850-1931) frá Glúmsstaðaseli, Fljótsdal og Margrét Eiríksdóttir (1856-1921) frá Reyðarfirði. Börn: Sigvaldi (1885-1954) b.Hákonarstöðum, Helga (1896-) húsfr. Hamborg og Guðfinna (1899-) húsfr. Skeggjastöðum.
9. 1907-1943: Þórður Guðmundur Guðmundsson (1882-1958) og Jónína S. Guðnadóttir (1887-1927) frá Grunnavatni. Börn: Pétur (1912-1985). Kona 2: Halldóra Eiríksdóttir (1892-1967). Börn: Sigurjón (1929-), Eyþór (1931-), Ásdís Halldóra (1934-), Skúli Ármann Sveinn (1937-). Börn Halldóru og Lárusar Sigurðssonar (1875-1924) fyrri manns: Ingólfur (1915-), Eiríkur Björgvin (1916-1988), Sigþór (1921-) og Lára Unnur (1824-)